Вилья родился в Туилье, в маленькой деревне муниципалитета Лангрео на севере Испании, в семье шахтёра Хосе Мануэля Вильи. В четыре года он получил перелом бедренной кости правой ноги. Из-за травмы Вилья и отец работали над укреплением его левой ноги и Вилья научился одинаково хорошо играть обеими ногами^[13]. Он вспоминает поддержку своего отца: «Он бросал мне мяч снова и снова, заставляя меня пнуть левой ногой, когда моя правая была в гипсе после перелома. Мне было четыре года и я едва ли могу вспомнить то, что случалось со мной во время ранних тренировок на футбольном поле».

Вилья признается, что он мог скорее всего бросить футбол из-за разногласий с тренером. Однако, благодаря поощрению своих родителей, он упорно проводит свою мечту в действие, реализуя свой ​​талант, он мог бы многое заработать в жизни. «В те дни я был никто, не заработав ни сентимо, а после того, чтобы сидеть на скамейке весь сезон я просто хотел уйти и играть с моими друзьями» — сказал он. «Но мой папа всегда меня поддерживал и подбадривал до пика моей карьеры». Он пошел дальше, чтобы начать свою футбольную карьеру в «Лангрео» и когда ему исполнилось 17 лет он присоединился к футбольной школе «Марео».